شبیه سازی برهمکنش آنزیم انتگراز HIV-I با مهارکننده‌های آن به کمک روش دینامیک مولکولی

نشریه علمی میکروبیولوژی دامپزشکی

مقاله 4، دوره 12، شماره 2 - شماره پیاپی 33، اسفند 1395، صفحه 35-46   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی (اصیل)

نویسنده

محمد رضا دایر^*

گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید چمران، اهواز، ایران

چکیده

طراحی و استفاده از مهارکنندگان آنزیمی علیه آنزیم‌های ویروسی یکی از راه‌های نوین و کارآمد در درمان بیماری‌های ویروسی است. این مهارکنندگان از طریق غیرفعال کردن آنزیم‌های حیاتی می‌توانند چرخه تکثیر ویروس‌ها را مختل و با محدود کردن جمعیت ویروس‌ها از انتشار عفونت‌های ویروسی جلوگیری کنند. در این زمینه آنزیم انتگراز ویروس HIV-I دارای اهمیت ویژه‌ای است. برای انتگراز سه مهارکننده مهم معرفی شده ‌است که عبارتند از، رالتگراویر، اِلویتگراویر و دولوتگراویر. در تحقیق حاضر و به‌منظور مطالعه مکانیسم مولکولی عملکرد این مهارکننده‌ها، ابتدا به‌کمک روش داکینگ هر کدام از مهارکننده‌ها در جایگاه مناسب روی آنزیم قرار داده شدند و پس از انتخاب بهترین حالت اتصال دارو در جایگاه فعال آنزیم، شبیه سازی به مدت 10 نانو ثانیه بر روی هر کدام از سیستم‌ها به‌طور جداگانه انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که دولوتگراویر اثرات برجسته‌تری بر انتگراز اعمال می‌کند. این مهارکننده باعث کاهش انعطافپذیری پروتئین و به‌خصوص ناحیه ویژه لوپ در آنزیم انتگراز می‌گردد و این امر منجر به کاهش تمایل اتصال انتگراز به DNA ویروس می‌شود. بر اساس یافته‌های این تحقیق به‌نظر می‌رسد که ساختار دولوتگراویر می‌تواند مدل مناسبی برای طراحی داروهای کارآمدتر باشد.

کلیدواژه‌ها

ایدز؛ شبیه‌سازی دینامیک مولکولی؛ انتگراز؛ مهارکننده‌ها؛ رالتگراویر؛ اِلویتگراویر؛ دولوتگراویر