ارزیابی تکنولوژی ریزآرایه های الیگونوکلئوتیدی در تشخیص باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا

فصلنامه علمی پژوهشی دنیای میکروب ها

مقاله 1، دوره 2، شماره 2 (پیاپی 3)، مرداد 1388، صفحه 73-80   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

میثم سرشار¹؛ عباس دوستی²؛ انیس جعفری³؛ نادر شاهرخی^{* 3}

¹گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد جهرم، عضو باشگاه پژوهشگران جوان

²مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرکرد

³بخش بیولوژی مولکولی، انستیتو پاستور ایران

چکیده

سابقه و هدف: روش های سنتی در تشخیص باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا بسیار وقت گیر و زمانبر می باشند، بنابراین استفاده از روش های دقیق و قابل اطمینان در تشخیص پاتوژن های میکروبی مورد نیاز است. هدف از این پژوهش طراحی پرایمرهای یونیورسال برای تکثیر ژن 23S rDNA و هیبریدیزاسیون ریز آرایه های الیگونوکلئوتیدی به منظور ارزیابی کارایی و عملکرد توالی 23S rDNA در تشخیص باکتری های منتقل شونده از طریق غذا می باشد. مواد و روش ها: با مقایسه نواحی ثابت و متغیر ژن 23S rDNA از  9 گونه باکتری پاتوژن منتقله از طریق غذا و با استفاده از اطلاعات موجود در بانک ژنی، طراحی پروب های الیگونوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار Vector NTI صورت گرفت. پروب های الیگونوکلئوتیدی برای هر گونه از باکتری ها (مجموعاً 28 پروب) برای اتصال به غشای نیتروسلولزی استفاده شد. PCR از ژن مذکور با استفاده از یک جفت پرایمر یونیورسال نشاندار شده توسط Digoxigenin صورت گرفت. سپس محصولات بدست آمده با آرایه های نوکلئوتیدی متصل به غشای نیتروسلولزی هیبربد گردیدند. یافته ها: در این مطالعه از  اشریشیا کلی، لیستریا مونوسیتوژنز، انتروکوکوس فکالیس، ویبریو کلرا، شیگلا دیسانتری، استافیلوکوکوس اورئوس، سالمونلا انتریکا، پروتئوس ولگاریس و  باسیلوس سرئوس به عنوان شایع ترین باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا استفاده گردید. نتایج نشان داد که به استثنای شیگلا دیسانتری سایر باکتری ها قادر به تشخیص و شناسایی توسط ریز آرایه های الیگونوکلئوتیدی می باشند. حساسیت روش ریز آرایه ها 10³ واحد تشکیل دهنده کلنی (CFU) محاسبه گردید. نتیجه گیری: این مطالعه نشان داد که 23S rDNA، به دلیل داشتن نواحی متغییر کافی و همچنین با استفاده از پرایمرهای یونیورسال و تکثیر نواحی حفاظت شده ژن یاد شده می توان در تشخیص باکتری های پاتوژن استفاده نمود. بنابراین تکنیک ریزآرایه های الیگونوکلئوتیدی یک روش سریع و قدرتمند در تشخیص این پاتوژن ها می باشد.

کلیدواژه‌ها

ریز آرایه های الیگونوکلئوتیدی؛ پاتوژن های منتقله از طریق غذا؛ 23S rDNA