جداسازی و شناسایی مولکولی رودوباکتر اسفروئیدیس از استخر بی هوازی سیستم تصفیه فاضلاب

فصلنامه علمی پژوهشی دنیای میکروب ها

مقاله 2، دوره 5، شماره 1 و 2 (پیاپی 12)، مرداد 1391، صفحه 23-29   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

مجید مقبلی^* ؛ محمدرضا شفاعتی

دانشگاه آزاد اسلامی، واحد دامغان، دانشکده علوم زیستی، گروه میکروبیولوژی

چکیده

سابقه و هدف: رودوباکتر باکتری گرم منفی، میله‌ای شکل و فتوتروفیک ارغوانی است که با اکسیداسیون سولفید هیدرژن به گوگرد قادر به حذف این ترکیب از محیط می‌باشد. هدف از این پژوهش، جداسازی و شناسایی مولکولی رودوباکتر بود. مواد و روش‌ها: به منظور جداسازی رودوباکتر، نمونه‌های پساب از استخر بی‌هوازی تصفیه خانه فاضلاب مهدی شهر جمع آوری و بر روی محیط  فیننیگ I  کشت داده شدند. پس از استخراج DNA ژنومی از باکتری‌های رشد کرده بر روی محیط یاد شده، از روش PCR به منظور تکثیر ژن 16S rRNA استفاده گردید. سپس محصول PCR تعیین توالی و به منظور شناسایی دقیق باکتری جداسازی شده، ترادف بازی آن BLAST گردید. نتایج: باکتری جداسازی شده از نظر ماکروسکوپی، بر روی محیط کشت اختصاصی کلنی قرمز ایجاد کرد و از نظر میکروسکوپی، میله‌ای گرم منفی بود. نتایج به دست آمده از مقایسه ترادف بازی 16S rRNA باکتری جداسازی شده نشان داد که این باکتری متعلق به جنس رودوباکتر است و شباهت 99% به گونه رودوباکتر اسفروئیدس دارد.. نتیجه گیری: این مطالعه اولین گزارش جداسازی رودوباکتر در ایران می‌باشد. همچنین در این بررسی برای اولین بار یک سویه جدید از گونه رودوباکتر اسفیروئیدس از فاضلاب جداسازی و به عنوان سویه IRSMM1 در بانک جهانی ژن با شماره JX262384  ثبت گردید.

کلیدواژه‌ها

رودوباکتر؛ اکسیداسیون H2S؛ 16S rRNA

مراجع

1. Imhoff J. Taxonomy and physiology of phototrophic purple bacteria and green sulfur bacteria. Anoxy. photosyn. bacteriol. 2004:1-15.

2. Sasaki K, Watanabe M, Suda Y, Ishizuka A, Noparatnaraporn N. Applications of photosynthetic bacteria for medical fields. J. biosci. bioeng. 2005;100(5):481-8.

3. Amiri S. Influence of  biological ingredient on variation of Photosynthetic Bacteria. M.S. thesis, Tehran, faculty of science, Islamic Azad University,Tehran north branch, 2008 (In farsi)

4. Croal LR, Jiao Y, Newman DK. The fox operon from Rhodobacter strain SW2 promotes phototrophic Fe (II) oxidation in Rhodobacter capsulatus SB1003. J Bacteriol. 2007;189(5):1774-82.

5. Bai H-J, Zhang Z-M, Gong J. Biological synthesis of semiconductor zinc sulfide nanoparticles by immobilized Rhodobacter sphaeroides. Biotechnol lett. 2006;28(14):1135-9.

6. Suwanto A, Yuhana M, Herawaty E, Angka S. Genetic diversity of luminous Vibrio isolated from shrimp larvae. Advances in shrimp biotechnology National Center for Genetic Engineering and Biotechnology, Bangkok, Thailand. 1998:217-24.

7. Kaplan HI, Sadock BJ. Synopsis of psychiatry: Behavioral sciences. Clinical psychiatry. 1998;8:534-58.

8. Poulain AJ, Newman DK. Rhodobacter capsulatus catalyzes light-dependent Fe (II) oxidation under anaerobic conditions as a potential detoxification mechanism. App. env. microbiol. 2009;75(21):6639-46.

9. Mackenzie C, Eraso JM, Choudhary M, Roh JH, Zeng X, Bruscella P, et al. Postgenomic Adventures with Rhodobacter sphaeroides. Annu. Rev. Microbiol. 2007;61:283-307.

10. Yen H-W, Chiu C-H. The influences of aerobic-dark and anaerobic-light cultivation of Rhodobacter sphaeroides in the submerged fermenter. Enz. microb.l technolo. 2007;41(5):600-4.

11. Zhu H, Fang HH, Zhang T, Beaudette LA. Effect of ferrous ion on photo heterotrophic hydrogen production by Rhodobacter sphaeroides. Int. j. hydrogen energy. 2007;32(17):4112-8.

12. Soto-Feliciano K, De Jesús M, Vega-Sepúlveda J, Ríos-Velázquez C. Isolation and characterization of purple non-sulfur anoxyphototropic bacteria from two microecosystems: tropical hypersaline microbial mats and bromeliads phytotelmata. 2010.

13. Chen W, Kuo T. A simple and rapid method for the preparation of gram-negative bacterial genomic DNA. Nucl. acid. res. 1993;21(9):2260.

14. Pfennig N, Triiper H. Nomenclature of bacterial  chlorophylls designation. CRC handbook of microbiology. 1977;1:119.

15. Hiraishi A, Ueda Y. Isolation and characterization of Rhodovulum strictum sp. nov. and some other purple nonsulfur bacteria from colored blooms in tidal and seawater pools. Int. j. syst. bacteriol. 1995;45(2):319-26.

16. Okubo Y, Futamata H, Hiraishi A. Distribution and capacity for utilization of lower fatty acids of phototrophic purple nonsulfur bacteria in wastewater environments. Microb. env.. 2005;20(3):135-43.