خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی سودوموناس ساواستانوی، جدا شده از یاسمن زمستانی در شیراز، با استفاده از روشBOX-PCR

فصلنامه علمی پژوهشی دنیای میکروب ها

مقاله 1، دوره 7، شماره 1 (پیاپی 18)، خرداد 1393، صفحه 6-17   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

گیلدا نجفی پور^{* 1}؛ سولماز حسنی²؛ سید محسن تقوی³

¹استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، گروه گیاه پزشکی

²کارشناس ارشد، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز

³استاد، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز

چکیده

سابقه و هدف: یاسمن زمستانی، گیاهی از خانواده زیتون می باشد که در زیباسازی فضاهای شهری کاربرد دارد. گال سرشاخه ناشی از سودوموناس ساواستانوی یکی از بیماری های مهم در این گیاه می باشد. این مطالعه با هدف ارزیابی تنوع فنوتیپی و ژنوتیپی سودوموناس ساواستانوی جدا شده از یاسمن زمستانی در شیراز، با استفاده از روش BOX-PCR انجام گردید.
مواد و روش ها: این پژوهش به صورت تجربی بر روی 23 جدایه سودوموناس ساواستانوی جدا شده از یاسمن زمستانی شیراز انجام شد. به منظور ردیابی مستقیم از آغازگر IAAL و روش PCR استفاده گردید. بررسی تنوع ژنتیکی سودوموناس ساواستانوی با روش rep-PCR و آغازگر BOX انجام شد. در ادامه داده‌های مرتبط با خصوصیات فنوتیپ جدایه های مورد بررسی به کمک نرم افزار NTsys-PC آنالیز گردید.
یافته ها: بر اساس آنالیز عددی خصوصیات فنوتیپی، سویه ها در سطح 88% با یکدیگر تشابه داشتند، اما گروه بندی خاصی برای آن ها مشاهده نگردید. با استفاده از آغازگر اختصاصی IAAL و عصاره گال در بافر GES، قطعه DNA با اندازه تقریبی 454 جفت باز تکثیر شد. با استفاده از نرم‌افزارNTsys-pc  در آزمون rep-PCR و آغازگر BOX، مشخص شد که جدایه ها در سطح تشابه 81%، به سه کلاستر تقسیم می شوند. کلاستر اول شامل جدایه های یاسمن زمستانه شیراز، کلاستر دوم شامل جدایه خرزهره تهران و کلاستر سوم دربرگیرنده جدایه زیتون تهران و جدایه استاندارد بود.
نتیجه گیری: نتایج به دست آمده در این مطالعه نشان داد که با استفاده از آغازگر BOX می توان جدایه های سودوموناس ساواستانوی متعلق به مناطق مختلف و میزبان های متفاوت را از یکدیگر تفکیک نمود. همچنین مطالعه حاضر اولین گزارش ردیابی مستقیم باکتری سودوموناس ساواستانوی از گال گیاهان آلوده در ایران می باشد.

کلیدواژه‌ها

یاسمن زمستانه؛ BOX-PCR؛ سودوموناس ساواستانوی