بهینه سازی روش آنالیز واحدهای پشت سر هم تکرار شونده (VNTR ) در ماشین های ترموسایکلر کلاسیک به منظور تایپینگ مولکولی بورخولدریا مالئی

فصلنامه علمی پژوهشی دنیای میکروب ها

مقاله 2، دوره 8، شماره 3 (پیاپی 24)، آذر 1394، صفحه 190-199   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

رضا نجف پور¹؛ نادر مصوری^{* 2}؛ کیوان تدین³؛ الهه تاج بخش³

¹کارشناس ارشد، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، دانشکده علوم پایه، گروه میکروب شناسی، شهرکرد

²استادیار، موسسه تحقیقات و سرم سازی رازی، کرج

³استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، دانشکده علوم پایه، گروه میکروب شناسی، شهرکرد

چکیده

سابقه و هدف: بورخولدریا مالئی عامل مشمشه و یکی از قدیمی ترین بیماری های عفونی واگیردار و مشترک بین انسان و حیوان است که اغلب تک سمی ها (اسب، الاغ، قاطر و گورخر) را مبتلا می نماید. همگام با پیشرفت در مطالعه ژنوم  باکتری های بیماری زا در سال های اخیر، روش های مولکولی به منظور مطالعه مقایسه ای و اپیدمیولوژی بورخولدریا مالئی توسعه یافته اند. این مطالعه برای اولین بار با هدف بهینه سازی روش آنالیز متکی بر واحدهای پشت سر هم تکرار شونده (VNTR) بر پایه چهار لوکوس BM140 ، BM1367، BM2065 وBM2971 به منظور تایپینگ مولکولی بورخولدریا مالئی انجام شد. مواد و روش ها: در این مطالعه، سویه بورخولدریا مالئی Razi 325 به عنوان سویه استاندارد از آرشیو میکروارگانیسم های موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی تهیه شد. پس از استخراج ژنوم و انجام PCR برای هر 4 لوکوس، نتایج مربوطه برای هر لوکوس به صورت مستقل و تجمیعی مورد بازبینی قرار گرفت. یک دستورالعمل واحد قابل اجرا از نظر دما و غلظت اجزای مهم متغیر سازنده ( کلرایدمنیزیم و پرایمرها) برای همه لوکوس ها تنظیم شد. یافته ها: مقایسه توالی جدایه با سویه های مرجع، پلی مورفیسم را در هر 4 لوکوس مورد مطالعه نشان داد. نتیجه گیری: شاخص ترین یافته کاربردی این تحقیق، توسعه یک دستورالعمل واحد PCR بود که هم از نظر اجزا و هم از نظر دما امکان اجرای چهار واکنش متفاوت را به صورت هم زمان در یک دور فعالیت ماشین PCR فراهم نمود.

کلیدواژه‌ها

بورخولدریا مالئی؛ لوکوس Bm140؛ لوکوس Bm1367؛ لوکوس Bm2065؛ لوکوس Bm2971