شبیه سازی برهمکنش آنزیم فومارات ردوکتاز با نیزاتیدین و مقایسه آن با اثر مهارکنندگی تعدادی از ترکیبات گیاه بومادران برای بالا بردن اثر مترانیدازول بر روی Helicobacter pylori در Insilico

شیمی کوانتومی و اسپکتروسکوپی

مقاله 2، دوره 8، شماره 28، اسفند 1397، صفحه 13-22   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

خدیجه توکلی هفشجانی^{* 1}؛ علی کاظمی باباحیدری²؛ افسانه نیکخواه³

¹باشگاه پژوهشگران جوان ونخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرکرد، شهرکرد ایران

²گروه شیمی،دانشکده علوم پایه،دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرکرد، شهرکرد ایران

³دانشگاه پیام نور واحدتفت

چکیده

هلیکوباکتر پیلوری یک باکتری میکروآئروفیل و مارپیچی شکل است که در مخاط معده ساکن است و عامل عمده زخم و ورم معده است. به‌تازگی اثر چند دارو ازجمله داروی نیزاتیدین در مهار فعالیت FRD در هلیکوباکتر پیلوری نشان داده ‌شده است که رشد سلولی را متوقف می‌کند و منجر به مرگ سلول می‌شود هدف از این مطالعه، مقایسه و ارزیابی اثرات ضد باکتریایی تعدادی از ترکیبات گیاه بومادران بر روی آنزیمFRD با استفاده از داکینگ مولکولی و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی بود. ساختار سه‌بعدی تعدادی از ترکیبات بومادران با نرم‌افزارگاوسین کشیده و بهینه شده و نحوه‌ی اتصال این ترکیبات (انرژی اتصال) به آنزیم FRD پس از مدل‌سازی ساختار سه بعدی آنزیم با نرم‌افزار مدلر (Modeller10.14) بررسی شد و برای ارزیابی و مقایسه ی نتایج اتصال ترکیبات بومادران روی آنزیم FRD از داروی نیزاتیدین که اثر آن روی FRDثابت ‌شده است در مطالعات داکینگ استفاده شد و سپس از بین ترکیبات بومادران، سه ترکیب که بالاترین انرژی اتصال داشتند برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی بر روی آنزیم FRD انتخاب شدند. شبیه‌سازی دینامیک ملکولی با استفاده از کمپلکس با بهترین حالت اتصال به‌دست ‌آمده از داکینگ انجام گرفت بعد از ۱۰ نانوثانیه شبیه سازی محاسبات جذرمیانگین مربعات جابجایی (RMSD) اسکلت اصلی آنزیم FRD نشان داد که درکل شبیه‌سازی‌ها تقریباً مشابه و یکنواخت می‌باشد که نشان می‌دهد آنزیم درطی شبیه‌سازی پایداربوده است؛ ومحاسبه ی فاصله ی مرکزجرم نیز بیان داشت که ترکیب تیمول کم‌ترین فاصله را باآنزیم از بین سه ترکیب دارد وبهترین تأثیر را می‌گذارد.

کلیدواژه‌ها

هلیکوباکترپیلوری؛ نیزاتیدین؛ داکینگ؛ فومارات ردوکتاز؛ دینامیک مولکولی؛ ترکیبات گیاه بومادران

مراجع