شناسایی، آنالیز توالی مربوط به ژن پروتئین ریبوزومی SA گاومیش رودخانه‌ای ایران و مقایسه آن با چند گونه دیگر

پژوهش های بالینی و آزمایشگاهی دامپزشکی

دوره 3، شماره 8، مهر 1388، صفحه 27-36   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

چکیده

مقایسه دقیق ژنوم پستانداران نیاز به لوکوس­هایی دارد که در طول کروموزوم­ها بصورت محفوظ موجود باشند. یکی از ژن­هایی که مشخص شده دارای توالی محفوظی است، ژن پروتئین ریبوزومی SA می­باشد. هدف از این تحقیق شناسایی توالی ژن پروتئین ریبوزومی SA در گاومیش ایران با استفاده از کلون کردن قطعات مربوط به نشانگر RAPD می­باشد. در ابتدا تعداد 80 نمونه­ خون از جمعیت­های مختلف گاومیش ایران اخذ گردید. پس از استخراج DNA، تکثیر پرایمرهای RAPD تحت شرایط بهینه انجام و قطعاتی که در نمونه­های مختلف تکرار پذیر بودند، انتخاب گردید. پس از خالص­سازی قطعات، عملیات کلونینگ شامل اتصال قطعات به داخل حامل pDrive و انتقال به داخل باکتری DH5α انجام شد و پس از تعیین توالی، توالی­ها ویرایش و توسط نرم افزار NCBI-BLASTN آنالیز شد. نتایج نشان داد که یکی از قطعات مربوط به پرایمر RP1(5'GGGACGTCTC3') شباهت زیادی با توالی نوکلئوتیدی پروتئین ریبوزومی SA در گونه­های مختلف دارد. توالی­ قطعه مورد نظر در گاومیش با گاو، خوک، اسب، سگ­، انسان، شمپانزه، بابون و میمون Rhesus در نرم افزار ClustalW هم­تراز و سپس درخت فیلوژنیک آن رسم گردید. نتایج نشان داد که شباهت توالی بدست آمده با قطعه مشابه در گاو، خوک، اسب، شمپانزه، بابون، سگ­، انسان و میمون Rhesus بترتیب به میزان 93%، 61%، 60%، 62%، 62%، 62%، 62% و 60% می­باشد. توالی این ژن در بانک جهانی ژن با شماره دسترسی GQ452383 ثبت گردید. نتایج این مطالعه همچنین امکان گسترش نقشه ژنومی گاومیش را فراهم کرد.

کلیدواژه‌ها

گاومیش رودخانه‌ای ایران؛ پروتئین ریبوزومی SA؛ درخت فیلوژنیک؛ نشانگر RAPD

مراجع

1-      Anonymous., (2009): http: // locus.jouy.inra.fr/ cgi- bin/ lgbc/ mapping/ bovmap

2-      Borghese, A, Mazzi, M., (2005): Buffalo population and strategies in the world. In: Buffalo production and research, Food and agriculture Organization of the United Nations. pp 1-39. Rome: FAO

3-      Castronovo, V., Claysmith, A. P., Barker, K. T., Cioce, V. , Krutzsch, H. C., Sobel, M. E., (1991): Biosynthesis of the 67 kDa high affinity laminin receptor. Biochemistry Biophysics Research Communication. 177: 177–183

4-      Das, D. K., Saini, M., Swarup, Gupta, D., P. K., (2008): Comparison of nucleotide and amino acids sequence of Nilgai (Boselaphus tragocamelus) interleukin-18 (IL-18) with other ruminants. Indian Journal of Biotechnology. 7:195-199

5-      De Hondt, H. A., El Nahas, S. M., (2001): Genetics and Genomic mapping of the water buffalo, Bubalus bubalis L. Egyptian Journal of Veterinary Science. 35: 1-26

6-      De Hondt, H. A., Gallagher, D., Oraby, H., Othman, O. E., Bosma, A. A., Womack, J. E., El Nahas, S. M., (1997): Gene mapping in the river buffalo (Bubalus bubalis L.): Five syntenic groups. Journal of Animal Breeding and Genetics. 114: 79-85

7-      Gasteiger, E., Gattiker, A,, Hoogland, C., Ivanyi, I., Appel, R. D., Bairoch, A., (2003): ExPasy: the proteomics server for in-deptj protein knowledge and analysis. Nucleic Acids Research. 31:3784-3788

8-      Gatphayak, K., Knorr, C., Beck, J., Brenig, B., (2004): Molecular characterization of porcine hyaluronidase genes 1, 2, and 3 clustered on SSC13q21. Cytogenet. Genome Research. 106: 98–106

9-      Gauczynski, S., et al., (2001): The 37-kDa/67-kDa laminin receptor acts as the cell-surface receptor for the cellular prion protein. EMBO Journal. 20, 5863–5875

10-  Ghosh, S., (2002): Intestinal entry of prions. Z. Gastroenterol. 40: 37–39

 

11-  Knorr, C., Beuermann, C., Beck, J., Brenig,  B., (2007): Characterization of the porcine multicopy ribosomal protein SA/37-kD a laminin receptor gene family. Gene. 395:135 – 143

12-  Landowski, T. H., Uthayakumar, S., Starkey, J. R., (1995): Control pathways of the 67 kDa laminin binding protein: surface expression and activity of a new ligand binding domain. Clinical Experimental Metastasis. 13: 357– 372

13-  Lesot,  H.,  Kuhl, U.,  Mark,  K. V., (1983): Isolation of a laminin-binding protein from muscle cell membranes. Embo Journal. 2: 861–865

14-  Leucht, C., et al., (2003): The 37 kDa/67 kDa laminin receptor is required for PrP (Sc) propagationin scrapie-infected neuronal cells. EMBO Rep. 4: 290 –295

15-  Lyons, L. A., Laughlin, T. F., Copeland, N. G., Jenkins, N. A., Womack, J. E., O'Brien, S. J., (1997): Comparative anchor tagged sequences (CATS) for integrative mapping of mammalian genomes. Nature Genetics, 15: 47-56

16-  Mahfouz, E. R., (2007): Sequence and Comparative Analysis of Myeloperoxidase (MPO) in River Buffalo (Bubalus bubalis). Australian Journal of Basic and Applied Sciences, 1: 533-541

17-  Marcos-Carcavilla, A., Calvo, J. H., Gonzalez, C., Serrano, C., Moazami-Goudarzi, K., Laurent, P., Bertaud, M., Hayes, H., Beattie, A. E., Lyahyai, J., Martın-Burriel, I., Marıa-Torres, J., Serrano, M., (2008): Structural and functional analysis of the ovine laminin receptor gene (RPSA): Possible involvement of the LRP/LR protein in scrapie response. Mammalian Genome. 19: 92-105

18-  Miller, S. A., Dykes, D. D., Polesky, H. F., (1988): A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Research. 16:1215

19-  Miragliotta, V., Lussier, J. G., Theoret , C. L. (2008): Laminin receptor 1 is differentially expressed in thoracic and limb wounds in the horse, ESVD and ACVD. 20: 27–34

20-  Morel, E., et al., (2005): Bovine prion is endocytosed by human enterocytes via the 37 kDa/67 kDa laminin receptor. American Journal of Pathology. 167:1033–1042

21-  Othman, E. O., Abdel Samad, M. F., El Nahas, S. M., (2003). Synteny assignment of nine molecular markers to river buffalo chromosomes. Buffalo Journal., 3: 299-310

22-  Othman, E. O., Bibars, M.A., (2004):  Mapping of twelve bovine microsatellites on river buffalo chromosomes and homology with cattle chromosomes. Buffalo Journal, 2: 139-152

23-  Rao, C. N., et al., (1989): Evidence for a precursor of the high-affinity metastasis associated murine laminin receptor. Biochemistry 28: 7476–7486

24-  Rieger, R., Edenhofer, F., Lasmezas, C. I., Weiss, S., (1997): The human 37-kDa laminin receptor precursor interacts with the prion protein in eukaryotic cells. National Medicine. 3: 1383–1388

25-  Wang, H.Y., Chien, H.C., Osada, N., Hashimoto,  K., Sugano, S., Gojobori, T., Chou, C. K., Tsai, S. F., Wu, C. I., Shen, C. K. J. (2007): Rate of Evolution in Brain-Expressed Genes in Humans and Other Primates PLoS Biology 5:335-342

26-  Yow, H. K., et al., (1988): Increased mRNA expression of a laminin-binding protein in human colon carcinoma: complete sequence of a full-length cDNA encoding the protein. Proceeding of National Academic Science, USA. 85: 6394– 6398