آنالیز بیوانفورماتیکی ژنوم کلروپلاستی گونه‌های دیپلوئید G.longicalyx & G.stocksii و مقایسه آن با گونه‌های تتراپلوئید پنبه

زیست شناسی تکوینی

مقاله 4، دوره 15، شماره 1 - شماره پیاپی 57، اسفند 1401، صفحه 37-48   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.30495/jdb.2023.1959300.1305

نویسندگان

فرشید طلعت^{* 1}؛ ماهرخ غیبی²

¹استادیار، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی آذربایجان غربی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج

²کارشناس ارشد زیست فناوری (بیوتکنولوژی)، دانشگاه آزاد اسلامی واحد ارومیه، ایران

چکیده

پنبه (Gossypium) شامل 5 گونه تتراپلوئید (2n=4x=52) و بیش از 45 گونه دیپلوئید (2n=2x=26) است. گونه‌های تتراپلوئید پنبه از طریق هیبریدیزاسیون بین یک ژنوم A- و یک گونه ژنوم D- شکل گرفته‌‌اند. آنالیز نقشه‌ های ژنتیکی نشان داد که ژنوم‌های دیپلوئید A- و D- سطح بالائی از همتائی با ژنوم‌های At- و Dt- در پنبه تتراپلوئید دارند. دو گونه دیپلوئید G.stocksii) و (G.longicalyx متعلق به زنومD در گیاه پنبه می‌باشند که نقش بسیار مهمی به عنوان منبع زیستی در برنامه‌های تحقیقاتی و اصلاحی پنبه دارد. این مطالعه به منظور مقایسه توالی ژنوم کلروپلاستی، تعداد نوکلئوتیدها، نواحی بین‌ژنی ، توالیهای تکراری و آنالیز کاربرد کدونی بین دو گونه دیپلوئید G.stocksii) و (G.longicalyx و دو گونه تتراپلوئید پنبه G.hirsutum) و (G. barbadense صورت گرفت. ژنوم کامل کلروپلاست G.longicalyx دارای 160،248 جفت‌ باز است که بلندتر از G.stocksii و کوتاهتر از دو گونه تتراپلوئید بوده، ژنوم کامل کلروپلاست G.stocksii دارای 159،039 جفت‌ باز است که کوتاه‌تر از G.longicalyx و دو گونه تتراپلوئید بوده همچنین در هر دو گونه دو ناحیه تک نسخه‌‌ای توسط دو ناحیه تکرار معکوس جدا شده‌‌اند. ژ‌ن‌های کد شده توسط کلروپلاست G.longicalyx و G.stocksii شامل 79 ژن کدکننده پروتئین، 4 ژن rRNA، 30 ژن tRNA، 113 ژن تک و 20 ژن مضاعف در IR قرار گرفته ‌اند. در دو گونه دیپلوئید مورد بررسی 5 ژن با عملکرد ناشناخته ژن‌های ycf کشف شدند که برای گیاهان ضروری در نظر گرفته شده و در میان گونه‌ ها بسیار محافظت شده هستند.

کلیدواژه‌ها

آنالیز ساختاری؛ بیوانفورماتیک؛ کلروپلاست پنبه؛ G.longicalyx؛ G.stocksii

مراجع