بررسی خصوصیات ساختاری و فیلوژنی پروتئین سیتوکروم P450 در حشرات

گیاهپزشکی کاربردی

مقاله 3، دوره 4، شماره 4 - شماره پیاپی 16، اسفند 1394، صفحه 227-239   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسنده

ثمین صدیق^*

استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد ورامین-پیشوا، دانشکده کشاورزی، گروه گیاهپزشکی، ورامین، ایران

چکیده

آنزیم­های سیتوکروم P450 (cyps)  منواکسیژناز­های حاوی هِم هستند که در متابولیسم مواد داخلی و خارجی دخالت دارند. آن­ها شامل یک بالاخانواده از آنزیم­ها هستند که در موجودات مختلف مانند پستانداران، گیاهان، باکتری­ها و حشرات یافت می­شوند. cyp ها متنوع بوده و سوبسترا­های زیادی را متابولیزه می­کنند، اما ساختار آن­ها بسیار حفاظت شده است. در این مطالعه، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی آنزیم­های P450 در سی گونه از حشرات متعلق به خانواده­های مختلف انجام گرفت. بر اساس موتیف­های به دست آمده از ابزار­های MEME و MAST، 3 موتیف در تمام حشرات مشترک بود. آنالیز ساختاری هفت گونه از حشرات انتخاب شده توسط ابزار­های ProtParam و SOPMA در پایگاه  EXPASY  انجام شد. ساختار سوم Drosophila melanogaster (شماره دسترسی: NP_525031) به عنوان حشره نمونه و شش گونه دیگر با استفاده از سرور Phyre2 و با استفاده از مدل “c4lxjA” (کد دسترسی: 4lxj) پیش­بینی گردید. توالی پروتئین­ها با استفاده از الگوریتم ClustalW توسط نرم افزار MEGA 6.06 هم­تراز­سازی شده و درخت فیلوژنی با استفاده از روش اتصال-همسایگی (NJ) ترسیم گردید. با توجه به نتایج، شباهت زیادی بین پروتئین­هـای cyp در گونه­های مختلف حشرات وجود دارند به­طوری­که احتمالا از یک جد مشترک مشتق شده­اند. داده­های به­دست آمده پیش زمینه­ای را برای مطالعات بیوانفورماتیکی راجع به عملکرد و تکامل این پروتئین در حشرات فراهم می­آورد.

کلیدواژه‌ها

بیوانفورماتیک؛ سیتوکروم P450 (cyp)؛ درخت فیلوژنی؛ حشرات؛ تجزیه و تحلیل ساختاری

مراجع