بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی‌سیلین جداسازی شده از نمونه‌های بالینی با روش RAPD-PCR

فصلنامه بیولوژی کاربردی

مقاله 3، دوره 10، شماره 38، تیر 1399، صفحه 35-46   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

برومند مرواریدی¹؛ شهرام نخجوان²؛ شهرام ننه کرانی³؛ رضا یاری^{* 4}

¹دانشجوی کارشناسی ارشد بیولوژی سلولی و مولکولی، گروه زیست‌شناسی، واحد بروجرد، دانشگاه آزاد اسلامی، بروجرد، ایران.

²استادیار، گروه اصلاح نباتات، واحد بروجرد، دانشگاه آزاد اسلامی، بروجرد، ایران

³استادیار، گروه علوم دامی، واحد بروجرد، دانشگاه آزاد اسلامی، بروجرد، ایران

⁴استادیار، گروه بیولوژی، واحد بروجرد، دانشگاه آزاد اسلامی، بروجرد، ایران

چکیده

سابقه و هدف:استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی سیلین عامل مهم عفونت‌های اکتسابی بیمارستانی است. تنوع ژنتیکی در استافیلوکوکوس اورئوس می‌تواند بر پاسخ به درمان تأثیر بگذارد و لذا شناسایی آنها در انتخاب آنتی بیوتیک‌های کارآمد، مؤثر می‌باشد. در این مطالعه سعی شد تا تنوع ژنتیکی جدایه‌های MRSA با پرایمرهای تصادفی تعیین گردد.
مواد و روش کارها:پژوهش توصیفی- مقطعی حاضر در سال 1394 بر روی 50 ایزوله MRSAانجام شد. ژنوم با روش Boiling استخراج گردید. تکنیک RAPD-PCR با 16پرایمر انجام و قرابت ژنتیکی ایزوله‌ها با استفاده از ماتریس یک و صفر و خوشه‌بندی و رسته‌بندی با کمک نرم‌افزار NTSYS و MVSP انجام شد.
نتایج:بیشترین و کمترین باندهای تولیدی مربوط به پرایمرهای 4M و 9 Mمی‌باشد. بیشترین میانگین باند برای هر ایزوله- پرایمر مربوط به پرایمر 4M با 1/8 باند است. بیشترین باند پلیمرف با 36 باند مربوط به پرایمر 5M می‌باشد. بزرگ‌ترین و کوچک‌ترین باندها مربوط به پرایمر 2M باKb 6/3 و پرایمر 12M به میزان bp100 بود. 16 آغازگر 583 باند تشکیل دادند که 412 (91/70%) باند پلیمرف و 171 (09/29%) باند اختصاصی بود.این روش ایزوله‌ها را به دو خوشه عمده تقسیم‌بندی کرد.
نتیجه‌گیری:مطالعه نشان داد ایزوله‌ها از نظر ژنتیکی هتروژن می‌باشند. نتایج بیانگر توانایی
RAPD-PCR در تمایز ایزوله‌ها است. رعایت بهداشت توسط افراد مراجعه‌کننده به مراکز درمانی و نیز استریل لوازم و وسایل مورد استفاده عمومی بیماران و مراجعان این مراکز مورد تاکید است.
 

کلیدواژه‌ها

استافیلوکوکوس اورئوس؛ متی سیلین؛ قم؛ تنوع ژنتیکی؛ .RAPD-PCR

مراجع

Nowroozi J, Goudarzi G, Pakzad P, Razavipour R. Isolation and Detection of Staphylococcus aureus Enterotoxins A-E and TSST-1 Genes from Different Sources by PCR Method. J Qom Uni Med Sci. 2012; 6(3): 78-85. [In Persian]

Gadyari F, Sattari M, Boroumand M, Yaghoubi R, Sepehriseresht S, Purgholi L. Detection of Staphylococcus aureus Entrotoxins A to D in clinical strains isolated
from burned patients of Tehran Motahari Hospital. J Iran Med Sci. 2011; 5(5): 20-27.
[In Persian]

Kurlenda J, Grinholc M, Jasek K, Wegrzyn G. RAPD typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus: A 7-year experience in a Polish hospital. Diagn Med Tecnol. 2007; 13(6): 13-18.

Pereira MSV, Leal NC, Leal TCA, Sobreira M, de Almeida AMP, Siqueira-Junior JP, Campos-Takaki GM. Typing of human and bovine Staphylococcus aureus by RAPD-PCR and ribotyping-PCR. Lett Appl Microbiol. 2002; 35: 32–36.

Naffa RG, Bdour SM, Migdadi HM, Shehabi AA. Enterotoxicity and genetic variation among clinical Staphylococcus aureus isolates in Jordan. J Med Microbiol. 2006; 55(2): 183–187.

Yari R, Mehrabi MR, Gorbanpoor AmirKiasari N. Detection of Methicillin-resistant Staphylococcus aureus Strains by Comparing Oxacillin and Cefoxitin Disk Diffusion and PCR for mecA Gene. Appl Biol. 2016; 6(3): 40-50. [In Persian]

Andrasevic AT, Power EG, Anthony RM, et al. Failure of bacteriophage typing to detect an inter-hospital outbreak of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in Zagreb subsequently identifi ed by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) and Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). Clin Microbiol Infect. 1999; 10: 634–642.

Blanc DS, Francioli P, Hauser PM. Poor value of Pulsed-Field Gel Electrophoresis to investigate long-term scale epidemiology of methicillin resistant Staphylococcus aureus. Infect Genet Evol, 2002; 2(2): 145–148.

Telecco S, Barbarini D, Carretto E, Comincini S, Emmi V, Marone P. Typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains from an intensive care unit by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). New Microbiol, 1999; 22(4): 323–329.

Al-Thawadi SI, Kessie G, Dela Cruz D, Al-Ahdal MN. A comparative study on the application of 3 molecular methods in epidemiological typing of bacterial isolates using MRSA as a prototype. Saudi Med J, 2003; 24(12): 1317–1324.

Reinoso E, Bettera S, Frigerio C, Direnzo M, Calzolari A, Bogni C. RAPD-PCR analysis of Staphylococcus aureus strains isolated from bovine and human hosts. Microbiol Res. 2004; 1(59): 245–255.

Idil N, Bilkay IS. Application of RAPD-PCR for determining the clonality of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus isolated from different hospitals. Braz. Arch. Biol. Technol. 2014; 57(4): 548-553.

Deplano A, Vaneechoutte M, Verschraegen G, Struelens MJ. Typing of Staphylococcus strains by PCR analysis of inter Is256 spacer length polymerase. J Clin Microbiol. 1997; 35(10): 2580-2587.

Hakimi Alni R, Mohammadzadeh A, Mahmmodi P, Alikhani Y. RAPD-PCR analysis of Staphylococcus aureus strains isolated from different sources. Comp Clin Pathol. 2017; 26(4): 823-830.

Byun DE, Kim SH, Shin JH, Suh SP, Ryang DW. Molecular epidemiological analysis of Staphylococcus aureus isolated from clinical specimens. J Korean Med Sci. 1997; 12(3): 190-198.