بررسی تنوع و فراوانی جمعیت باکتریایی چشمه آبگرم قینرجه: شناسایی اکوسیستم میکروبی داغترین چشمه آبگرم ایران با روشهای مستقل از کشت و بر پایه توالی یابی نسل جدید

زیست شناسی تکوینی

دوره 12، شماره 4 - شماره پیاپی 48، آذر 1399، صفحه 19-26   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

رضا آذربایجانی؛ لاله پارسا یگانه^*

بانک مولکولی، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، کرج، ایران

چکیده

زیست بومهای اکستریم چشمه های آبگرم آنها یک منبع بیولوژیکی مهم برای شناسایی ذخایر ژنتیکی میکروارگانیسم های گرمادوست و ویژگی های بیولوژیکی آنها از نظر تحمل و بقا در دماهای بالا و استفاده از این پتانسیل در صنایع مختلف و بیوتکنولوژی هستند. اگر چه مطالعات متعددی بر روی میکروبیوم این زیست بومها در سالهای اخیر در دنیا صورت گرفته است اما تا کنون مطالعات کمی بر روی چنین محیطهای اکستریم بومی ایران انجام گرفته است. کشور ایران دارای مناطق ژئوترمال و آتشفشانی مختلف بوده و چشمه های آبگرم متعدد و منحصر به فرد دارای خصوصیات ضد میکربی و ضد قارچی، ضد روماتیسم و سایر دردهای عضلانی را در خود جای داده است. در این مطالعه شناسایی ترکیب و تعیین فراوانی تاکسون های مختلف جامعه باکتریایی چشمه آبگرم قینرجه به عنوان یکی از داغترین چشمه های کلرایدی جهان با روشهای مستقل از کشت و با استفاده از تکنیکهای نسل جدید توالی یابی انجام گردید. جهت پروفایلینگ کمی جامعه باکتریایی مربوطه و یا اصطلاحا آنالیز متاژنومیکس، ساخت کتابخانه های ژن 16s rRNA از سه ناحیه عملکردی طبقه بندی تاکسونومیک V1 تا V3 و با آغازگر های بارکد شده صورت پدیرفت. با آنالیز بیوانفورماتیکی داده ها با سامانه های MG-RAST و SILVAngs ، تعداد 200 تاکسون مختلف مربوط به خانواده ها و جنس های مختلف باکتریایی مورد شناسایی قرار گرفتند. تاکسون های غالب به ترتیب از بیشترین فروانی شامل Pediococcus acidilactici، uncultured (unclassified) bacterium، Lactobacillus rhamnosus، Thermus scotoductus، Thermus sp. HR13 و Thermus sp. BXR می باشند.

کلیدواژه‌ها

زیست بوم اکستریم؛ چشمه آبگرم قینرجه؛ متاژنومیکس؛ میکروبیوم

مراجع