ترادف‌یابی کامل ژنوم یک جدایه از ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی از منطقه عسلویه و تعیین جایگاه تاکسونومیکی آن

فصلنامه علمی پژوهشی دنیای میکروب ها

مقاله 6، دوره 14، شماره 2( پیاپی 47)، شهریور 1400، صفحه 69-78   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.30495/jmw.2021.690444

نویسندگان

کاووس ایازپور^{* 1}؛ نگهدار اولاد حسین²؛ علی پاک نیت³

¹هیات علمی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم

²گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد جهرم، دانشگاه آزاد اسلامی، جهرم، ایران

³گروه گیاهپزشکی، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی فارس، شیراز، ایران

چکیده

سابقه و هدف: بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجهفرنگی یکی از شایعترین و مهمترین بیماریهای گوجهفرنگی در ایران است.  تعیین ترادف ژنوم ویروس و شناسایی نژاد آن به تولید نژاد مقاوم کمک میکند. هدف از این تحقیق تعیین ترادف کامل ژنوم یک جدایه از ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجهفرنگی، تعیین نژاد و جایگاه تاکسونومیکی آن بود.
مواد و روش‌ها: به منظور ترادفیابی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجهفرنگی در استان بوشهر، یک جدایه ویروسی از مزارع گوجهفرنگی عسلویه انتخاب و بررسی شد. ابتدا با کمک جفت آغازگرهای دژنره بگومو ویروسها قطعهای به طولbp500  در آزمون PCR تکثیر و ترادفیابی گردید. سپس با استفاده از ترادف این قطعه یک جفت آغازگر برای دستیابی به ژنوم کامل ویروس با نامFarsc/Farsv  طراحی شد. با کمک ترکیب جفت آغازگر Farsc/PAL1v1987 و جفت آغازگر Farsv/TYLCV-[Ab]1997c ترادف کامل ژنوم ویروس تعیین گردید. با کمک برنامه‌های بیوانفورماتیک و مقایسه ژنوم کامل ویروس با سایر ویروسهای منطقه و جهان، جایگاه تاکسونومیکی ویروس عسلویه تعیین گردید.
یافتهها: آنالیزهای فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه مذکور دارای ژنوم یک بخشی بوده و با نژاد عمانی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجهفرنگی شباهت بیش از 93% دارد. لذا این جدایه واریانتی از نژاد عمانی ویروس است. در تحقیقات دیگر محققین بیان شده بود که در استان بوشهر فقط نژاد TYLCV-IL وجود دارد در حالیکه نتایج این تحقیق وجود نژاد TYLCV-OMN را در استان بوشهر به اثبات میرساند.
نتیجه‌گیری: با توجه به مطالعات انجام شده جدایه عسلویه عضوی از گروه عمانی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجهفرنگی است که زردی شدید ایجاد میکند.
 

کلیدواژه‌ها

استان بوشهر؛ بگومو ویروس؛ آغازگر Farsc/PAL1v1987؛ Farsv/TYLCV-[Ab]1997c

مراجع